Das Land Brandenburg stellt den Leiter oder die Leiterin der Gemeinsamen Landesplanungsabteilung, das Land Berlin den Ständigen Vertreter oder die Ständige Vertreterin des Abteilungsleiters oder der Abteilungsleiterin. Beiden obliegt die einvernehmliche und gleichberechtigte Entscheidung aller bedeutsamen Fragen.
Die Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen der GL sind Beschäftigte der sie entsendenden Landesverwaltungen. Das fachliche Weisungsrecht wird von den für Raumordnung zuständigen Mitgliedern der beiden Landesregierungen gemeinsam und einvernehmlich ausgeübt.
Die Gemeinsame Landesplanungsabteilung ist organisatorisch in sechs Referate gegliedert. Sie hat Dienstsitze in Potsdam, in Frankfurt (Oder) sowie in Cottbus.